Las islas se elevan en la Plataforma Galápagos, un plateau submarino basáltico localizado entre 360 y 900 metros bajo la superficie del océano.
Es un archipiélago enteramente volcánico, y sólo la Isla Isabela está formada por 6 volcanes de lado a lado, de los cuáles cinco son activos.
Las Galápagos están catalogadas como un "hot spot", que es un área de alto flujo térmico y de una intensa actividad sísmica y volcánica, sujeta a variadas erupciones anuales.
El archipiélago se encuentra en la placa de Nazca, justo en el límite con la placa Cocos, lo que ha explicado que las islas del Este sean más antiguas que las del Oeste. Al formarse una isla luego de una erupción, la placa se habría movido hacia el Este (junto con la isla), y luego se habría formado una nueva isla con otra erupción, la cuál estaría ubicada al Oeste de la anterior, y así sucesivamente.
Así, las islas más antiguas se habrían originado hace unos 5 millones de años, mientras las más nuevas sólo tendrían 700.000 años.
Según Christie, las edades radiométricas para las islas sumergidas, podrían ser de entre 5 y 9 millones de años, consistente con el movimiento predicho de las placas. Esto indicaría que la edad disponible para la especiación de los organismos, es mucho más larga que la edad de las islas actualmente existentes.
